'המפקדת' היא דרמה קומית המתרחשת בעולם אירוני שנקרא "בסיס טירונות", בו חבורת נערות (טירוניות ומפקדות) עוברות מסע התבגרות בחסות צה"לית. הסדרה מגוללת את סיפורה של נועה אותה תגלם אלונה סער, הבת של גדעון סער. נועה היא קצינה מסורה יתר על המידה, שלא זכתה עד היום לפקד על מחלקה בשל כישורים בינאישיים לוקים בחסר. בנסיבות לא צפויות, נועה מקבלת הזדמנות לפקד על מחזור טירוניות. אך המשימה מתבררת כקשה במיוחד, כשלפניה ניצב מחזור "גיוס מיוחד" בעייתי, סגל שלא מקבל את סמכותה, ובעיקר, קושי אישי להתמודד עם אנשים שלא באמצעות תקנות וחוקי הצבא.

העלילה לוקחת את נועה ממצב של דבקות פדנטית בנהלים, לנקודה שבה היא מתחילה להבין שעל מנת לשרוד בתפקיד היא תצטרך לשחרר ולהתגמש, ואולי אפילו לחשוף את עצמה. במקביל למסע של נועה, נחשפות חברותיה לסגל לאתגרים שמחזור הגיוס המיוחד יעמיד בפניהן ובפני היחסים שלהן אחת עם השנייה.